Kościół św. Anny ma jedną nawę na planie kwadratu ze sklepieniem krzyżowym wspartym na środkowym filarze. Wieloboczne prezbiterium przykrywa przęsło sklepienia krzyżowo-żebrowego. Od północy przylega gotycka zakrystia, a do nawy późniejsza dobudówka krypty z 1706 roku. Całość, malowidła i wyposażenie są późnogotyckie. Wejście prowadzi przez południową kruchtę ze sklepieniem kolebkowym i półkolistym kamiennym portalem o przecinających się profilach. Wnętrze zachowało trzy wyjątkowe późnogotyckie ołtarze tablicowe. Ołtarz główny z początku XVI wieku poświęcono św. Annie. Centralna rzeźba to św. Anna Samotrzecia z Maryją i Dzieciątkiem, rzadki motyw. Szafę ołtarzową uzupełniają malowidła św. Joachima i Józefa. Ruchome skrzydła po otwarciu ukazują życie św. Anny, a na odwrocie Mękę Pańską. Boczny ołtarz świętych Szymona i Judy Tadeusza z początku XVI wieku ma bogate dekoracje malarskie i rzeźbiarskie. W szafie stoją figury świętych, na predelli Mąż Boleści z Maryją i św. Janem Ewangelistą. Skrzydła zawierają osiem scen na drewnie: po otwarciu legendy świętych, po zamknięciu część cyklu pasyjnego. Zwieńczenie bogato zdobi ornament późnogotycki. Trzeci ołtarz, maryjny, pokazuje Madonnę z ubranym Dzieciątkiem na fantastycznym smoku, po bokach św. Katarzynę i Barbarę. Uzupełniają go starszy św. Mikołaj i młodszy św. Stanisław. Najcenniejsza jest rzeźba Madonny z Dzieciątkiem, należąca mimo brakujących fragmentów do najlepszych dzieł późnego gotyku. Niedawno odkryte malowidła ścienne dopełniają niemal nienaruszone wnętrze; podczas reformacji przykryto je pobiałą. Pochodzą z drugiej dekady XVI wieku i wykonano je al secco na suchym i al fresco na mokrym tynku. Sceny pasyjne na zachodniej ścianie oparto na drzeworytach Albrechta Dürera i Lucasa Cranacha rozpowszechnionych w Europie. Z renesansu zachowała się chrzcielnica z czerwonego marmuru z 1593 roku, przykryta polichromowaną ludową rzeźbą drewnianą z XVIII wieku. Część ruchomego wyposażenia znajduje się dziś w Słowackiej Galerii Narodowej w Bratysławie.