Románska trojloďová bazilika postavená nemeckými kolonistami na začiatku 13. storočia. Kostol bol rekonštruovaný v gotike pravdepodobne začiatkom 15. storočia, kedy vzniklo nové presbytérium a kaplnka Panny Márie. V polovici 15. storočia bol kostol opevnený štyrmi nárožnými baštami, ktoré postavili vojská Jána Jiskru z Brandýsa. V roku 1676 kostol vyhorel a v rokoch 1699–1711 prešiel rozsiahlou rekonštrukciou. Hlavný oltár spolu s ďalšími bol roku 1715 vysvätený belehradským biskupom Lukášom Natalim. Kostol niekoľkokrát vyhorel a posledná veľká rekonštrukcia prebehla v rokoch 1925–1926, kedy bola zrútená apsida uzavierajúca severnú loď, zrekonštruovaný hlavný oltár, zrútené krypty pod oltármi a vznikla nová monumentálna maľba nad víťazným oblúkom od akademického maliara Eleméra Dedinského.
Krupina sa začala formovať po príchode nemeckých kolonistov v 13. storočí. Stredoveké mesto sa sústredilo okolo románskeho nemeckého kostola Narodenia Panny Márie a postupne sa vyvinulo hlavné námestie a predmestie. Na hlavnom, dnes Svätotrojičnom námestí, sa sústreďovali domy najbohatších krupinských mešťanov, neskôr i radnica a konávali sa tu týždenné trhy a výročné jarmoky. Na predmestí (Malý rínok a priľahlé ulice) sa sústredili domy slovenských obyvateľov mesta.